iNOS和精氨酸酶1
巨噬細胞（至少在小鼠細胞中）經典激活型和替代活化型的標志物分別為iNOS和Arg1。iNOS是一種酶，可催化L-精氨酸的NADPH依賴性氧化反應生成L-瓜氨酸和一氧化氮（NO）。一氧化氮是細胞毒性和其他生理功能（例如，血管舒張）的重要介質。iNOS在巨噬細胞中不是組成型表達，其存在能表明此前用促炎細胞因子（如IL-1、TNF-α或IFN-γ）刺激的結果。
Arg1酶將L-精氨酸轉化為尿素和L-鳥氨酸。通過降解精氨酸，Arg1占據了iNOS的底物，并且下調一氧化氮生成。IL-4和IL-13強烈誘導巨噬細胞表達Arg1，而不是由抗炎細胞因子（如IL-10或TGF-b）誘導。與iNOS表達相反，在多個組織巨噬細胞群中發現Arg1有表達。例如，大多數小鼠大腹膜巨噬細胞（F4/80 高巨噬細胞）在穩態下呈Arg1陽性。Arg1不應被視為M2極化的*特異性標記，尤其是分析原代未培養細胞時。
甘露糖受體（CD206）
巨噬細胞甘露糖受體，稱為CD206或甘露糖受體C類型1（MRC1），介導真菌、細菌、原生動物和病毒抗原的吞噬和內吞攝取，并且在免疫防御及其調節中發揮重要作用。甘露糖受體是替代活化巨噬細胞的原始識別標志物。與Arg1相反，CD206廣泛地在替代活化型巨噬細胞中表達，包括用IL-10或糖皮質激素處理的耐受性細胞。有趣的是，TGF-b被證明可以下調CD206的表達。抑制這種受體表達的其他因素包括LPS、IFN-γ和TNF-α。與Arg1相似，CD206組成型表達地表達于多種類型的組織巨噬細胞中，盡管它與Arg1的表達模式不*重疊。
RELM-a（FIZZ1）
RELM-a，也稱為抵抗素樣α或FIZZ1，是一種由IL-4和IL-13強烈誘導的小細胞因子，參與抵抗寄生蟲感染的反應。與Arg1相似，糖皮質激素和IL-10不能誘導RELM-a。盡管如此，這兩種常用的M2活化標志物的在體內表達的模式非常不同。例如，在沒有刺激的情況下，大多數小腹膜巨噬細胞（F4/80 lo）和少數大腹膜巨噬細胞（F4/80 hi）表達RELM-a。
CD163
CD163為觸珠蛋白和血紅蛋白受體。由于CD163的主要功能是促進鐵的再循環過程，因此在脾紅髓巨噬細胞中可以觀察到CD163的最高表達。CD163還可以用于檢測某些細菌化合物，并且在組織巨噬細胞的其他亞群中表達，包括Kupffer c細胞、腸固有層巨噬細胞和一部分大腹膜巨噬細胞，盡管表達程度較低。與人CD163不同，小鼠CD163不容易由M2極化細胞因子誘導，故不是鼠科動物M2巨噬細胞的良好標志物。相反，其表達似乎表明了組織特異性巨噬細胞功能（例如，血紅蛋白再循環）。
